Fondata a Milano il 6 Luglio 1984 da una trentina fra le più autorevoli Società Medico-Scientifiche.
La FISM è nata dal bisogno di aggregare le Società Medico-Scientifiche con la finalità di condividere informazioni ed esperienze,  di comunicarle attraverso riviste ed attività congressuale coordinata e di diventare interlocutore stabile delle istituzioni. Oggi aderiscono alla FISM 176 fra le più rappresentative Società Medico-Scientifiche italiane con un totale di più di 120.000 iscritti.
Gli organi decisionali della FISM sono l’Assemblea degli aderenti ed il Consiglio Direttivo (che viene rinnovato ogni tre anni).

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